Fen Bilimleri Okulları’nın eğitim felsefesi köy enstitülerinin kuruluş felsefesine dayalı ulusal ve uluslararası arenada tanınmış eğitimci John Dewey’in oluşturduğu ilerlemeci eğitim felsefesine dayanmaktadır. Fen Bilimleri Okulları’nın temel hedefi, toplumun devamını sağlayacak, toplumun değişim ve gelişimine yön verecek Yaşam Yaratıcılarının yetiştirilmesi olarak belirlenmiştir. Okulumuzda öğrencilerin yaparak, yaşayarak öğrenmelerini ön plana alınmıştır.Okulumuzda eğitimin temel hedefi, bireyi yaşama hazırlamaktan ziyade, yapılan etkinliklerle yaşamın kendisini oluşturmaktır. Okulumuzun önemli hedeflerinden biri de demokratik bir toplumun gerekliğini öğrencilere kazandırmaktır. Okulda yapılan etkinliklere öğrencilerin düşüncelerini kolay bir şekilde ifade etmelerinin sağlanması, farklılıklara duyarlılık gösterilmesi öncelikler arasında yer almıştır. Okulumuzda her birey tektir ve biriciktir ilkesinden hareketle her öğrencinin bilişsel, duyuşsal, devinimsel alandaki bireysel farklılıklarına dikkat edilir ve söz konusu farklılıklar eğitimin her sürecinde harekete geçirilir. Bu süreçte öğrencinin bireysel farklılıklarının farkında olması sağlanarak, bireysel gelişimlerine destek vermek eğitimin temel işlevleri arasında yer almıştır.